L'attuale edificio, ora sede di uffici governativi, fu costruito nel 1843 per ospitare la dogana nell'ambito di una grande operazione di rifacimento urbanistico che interessò anche l'attuale piazza Gioberti e il vicino palazzo ducale. Il palazzo, che all'origine era più basso e terminava con un attico, prese il posto di un vasto complesso religioso che comprendeva in origine la chiesa settecentesca di S. Antonio Abate e il convento cinquecentesco delle suore di S. Chiara.