Nella piazzetta di San Giovanni si trova, con la sua severa facciata in cotto, l'omonima chiesa, non terminata, più comunemente nota come San Giovannino. Le prime notizie della chiesa risalgono al XII secolo. Dalla primitiva struttura si conserva però solo il perimetro. La struttura attuale risale invece alla ricostruzione cinquecentesca, su progetto di Girolamo Casotti. La facciata del XVI secolo in cotto a vista è incompiuta. In una nicchia rettangolare c'è un moderno mosaico raffigurante S.Antonio da Padova. L'interno conserva opere prestigiose, realizzate nei primi decenni del Seicento, tanto da configurare questo cantiere artistico come un banco di prova degli artisti di lì a poco impegnati nella Basilica della Ghiara. I dipinti della tribuna sono del parmense Sisto Badalocchio, autore anche del " Ritorno di Cristo", affresco del 1613, che si copre la cupola e che non può non ricordare l'illustre precedente del Correggio a Parma. La volta della navata centrale presenta, racchiuse in ardite prospettive illusionistiche del bresciano Tommaso Sandrini, affreschi di Lorenzo Franchi eseguiti nel 1614, rappresentanti San Giovanni che scrive l'Apocalisse (Visione di San Giovanni), Angeli delle sette trombe, Sconfitte del demonio.
Imponenti le due grandi tele di Alessandro Tiarini poste ai lati del presbiterio (eseguite nel 1624): di recente restaurate, raffigurano il transito di San Giovanni e il Martirio di San Giovanni e sono fra le opere più significative dell'artista bolognese. Nel catino absidale, bell'affresco di Paolo Giudotti. eseguito nel 1613, raffigurante la Resurrezione del Cristo. Nella seconda cappella di sinistra è presente un gruppo policromo quattrocentesco in terracotta raffigurante il Mortorio di Cristo, riferibile, con esclusione del Cristo cinquecentesco, attribuito a Guido Mazzoni.
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